Design of two molecular methodologies for the rapid identification of Colombian community-acquired methicillin-resistant Staphylococcus aureus isolates / Diseño de dos metodologías moleculares para la rápida identificación de aislamientos de Staphylococcus aureus resistente a meticilina asociados a la comunidad en Colombia

Introduction. Community-acquired methicillin-resistant Staphylococcus aureus (CA-MRSA) infections are found with increasing the frequency, both in healthy individuals in the community and in hospitalized patients. In Colombia and the Andean region, CA-MRSA isolates have a genetic background that is related to the pandemic USA300 clone. Objective. Two molecular methods are designed and standardized for the rapid differentiation of Colombian community-acquired and hospital-acquired methicillin-resistant Staphylococcus aureus (HA-MRSA) isolates. Materials and methods. Two molecular methods were standardized for the identification of CA-MRSA isolates. The first method was based on the differential digestion of the carbamate kinase (arcC)and guanylate kinase (gmk) genes in the sequences type 5 (ST5) in the HA-MRSA isolates and 8 (ST8) in the CA-MRSA isolates. The second method was based on the PCR amplification of 5 specific virulence factors found in CA-MRSA and HA-MRSA isolates. The specificity and precision of each method were evaluated using 237 clinical MRSA isolates. Results. The first method identified 100% and 93.2% of the CA-MRSA and HA-MRSA isolates, respectively. The second method also correctly identified the two isolates types (CA-MRSA and HA-MRSA). Conclusions. These two methods are a convenient alternative for the rapid identification of the CA-MRSA isolates, compared with other techniques such as pulsed field gel electrophoresis and multilocus sequence typing, which are time-consuming and more expensive.

Introducción. Los aislamientos de Staphylococcus aureus resistente a la meticilina asociado a la comunidad (SARM-AC), están aumentando la frecuencia de infecciones en personas sanas de la comunidad y en pacientes hospitalizados. En Colombia y en la región andina estos aislamientos tienen un componente genético relacionado con el clon pandémico USA300. Objetivo. Diseñar y estandarizar dos metodologías para la diferenciación rápida de aislamientos colombianos de S. aureus resistente a la meticilina asociado a la comunidad de los asociados al hospital (SARM-AH). Materiales y métodos. Se estandarizaron dos metodologías moleculares para la identificación de aislamientos de S. aureus resistente a la meticilina asociado a la comunidad. La primera se basa en la digestión diferencial con tres enzimas de restricción de los genes cinasa de carbamato (arcC)y cinasa de guanilato (gmk)para los tipos de secuencia 5 (ST5) y 8 (ST8), correspondientes a aislamientos de S. aureus resistente a la meticilina asociado al hospital y asociado a la comunidad, respectivamente. La segunda se basa en la amplificación por reacción en cadena de la polimerasa de cinco factores de virulencia que se encuentran de manera diferencial en estos aislamientos. Las dos metodologías fueron validadas en 237 aislamientos clínicos de S. aureus resistente a la meticilina. Resultados. Con la primera metodología se identificaron el 100 % y 93,2 % de los aislamientos de S. aureus resistente a la meticilina asociado a la comunidad y asociado al hospital, respectivamente. Con la segunda metodología se identificaron correctamente los dos tipos de aislamientos. Conclusiones. Estas dos metodologías son una buena alternativa en términos de ahorro en tiempo y dinero comparadas con otras técnicas, como la electroforesis en campo pulsado y la tipificación de secuencias multilocus para la rápida identificación de aislamientos de S. aureus resistente a la meticilina asociado a la comunidad en Colombia.

Cord factor detection and macroscopic evaluation of mycobacterial colonies: an efficient combined screening test for the presumptive identification of Mycobacterium tuberculosis complex on solid media / Detecção do fator corda e avaliação do aspecto macroscópico das colônias de micobactérias: um eficiente teste de triagem combinado para a identificação presuntiva do complexo Mycobacterium tuberculosis em meios só

OBJECTIVE: The rapid differentiation between Mycobacterium tuberculosis and nontuberculous mycobacteria is fundamental for patients co-infected with tuberculosis and HIV. To that end, we use two methods in our laboratory: detection of cord factor and PCR-restriction enzyme analysis (PRA). The objective of this study was to evaluate the accuracy of a screening test on solid medium as a rapid method for the presumptive identification of M. tuberculosis complex, considering costs and turnover time. METHODS: A total of 152 strains were submitted to a combined screening test, consisting of the detection of cord factor under microscopy (Ziehl-Neelsen staining) and evaluation of the macroscopic aspect of colonies, as well as to PRA, which was used as the gold standard. Costs were estimated by calculating the price of all of the materials needed for each test. RESULTS: The overall accuracy of cord factor detection alone was 95.4 percent (95 percent CI: 90.7-98.1 percent), and that of the combined screening test was 99.3 percent (95 percent CI: 96.4-100 percent). Cord factor detection costs US$ 0.25, whereas the PRA costs US$ 7.00. Results from cord factor detection are ready in 2 days, whereas PRA requires 4 days to yield results. CONCLUSIONS: The presumptive identification of M. tuberculosis using the macroscopic evaluation of colonies combined with cord factor detection under microscopy is a simple, rapid and inexpensive test. We recommend the combined screening test to rapidly identify M. tuberculosis in resource-poor settings and in less well-equipped laboratories while awaiting a definite identification by molecular or biochemical methods.

OBJETIVO: A diferenciação rápida entre Mycobacterium tuberculosis e micobactérias não-tuberculosas é fundamental para os pacientes coinfectados com tuberculose e HIV. Para tanto, utilizamos duas metodologias em nosso laboratório: detecção do fator corda e PCR-restriction enzyme analysis (PRA). O objetivo do estudo foi avaliar a acurácia desse teste de triagem em meio sólido como um método rápido para a identificação presuntiva do complexo M. tuberculosis, considerando custos e tempo de resultado. MÉTODOS: Foram processadas 152 cepas pelo teste de triagem combinado, que consistiu da detecção do fator corda por microscopia (esfregaço corado por Ziehl-Neelsen) e avaliação do aspecto macroscópico das colônias, e PRA (padrão ouro). Os custos foram estimados através da obtenção dos preços dos insumos necessários para a realização de cada teste. RESULTADOS: A acurácia da detecção do fator corda foi de 95,4 por cento (IC95 por cento: 90,7-98,1 por cento) e a do teste de triagem combinado foi de 99,3 por cento (IC95 por cento: 96,4-100 por cento). O custo da detecção do fator corda foi de R$ 0,60 e do PRA de R$ 16,00. Os resultados da detecção do fator corda estão prontos em 2 dias, ao passo que os de PRA necessitam de 4 dias. CONCLUSÕES: A identificação presuntiva de M. tuberculosis usando o aspecto macroscópico das colônias em conjunto com a detecção de fator corda por microscopia é um teste simples, rápido e de baixo custo. Recomendamos o teste de triagem combinado para rapidamente identificar M. tuberculosis em sítios com poucos recursos financeiros e em laboratórios menos equipados, enquanto se aguarda a identificação definitiva por métodos moleculares ou bioquímicos.

Identificación rápida de micobacterias no tuberculosas mediante análisis de patrones de restricción / Rapid identification of non tuberculous mycobacteria by restriction pattern analysis

Background: The frequency of diseases caused by non tuberculous mycobacteria has increased in the last years. Their clinical diagnosis is difficult, mainly in immunocompromised patients. The identification of these mycobacteria by traditional methods is based on phenotypic characteristics and the results are obtained two to four weeks after their isolation in primary cultures. Aim: To report a new identification method for non tuberculous mycobacteria. Material and methods: The restriction pattern analysis method was implemented. It is based on the amplification, using polymerase chain reaction (PCR), of a polymorphic region of 440 base pairs that codifies Hsp65 protein, followed by a digestion with BstE II and Hae III restriction enzymes. The results were compared with patterns established for each strain. Results: Sixty four strains of mycobacteria obtained from clinical samples and seven reference mycobacteria, were identified using the traditional methods and restriction pattern analysis. The latter method identified the same strain as the former in 87.5% of cases. In the remainder 12.5% of cases there was no agreement between both methods. In these, the sequencing of a fragment of a gene that codifies 16S ribosomal RNA, confirmed the correct identification by restriction patterns. Conclusions: Restriction pattern analysis is a rapid identification method for non tuberculous mycobaterial strains.

Molecular techniques for MRSA typing: current issues and perspectives

Staphylococcus aureus has long been recognised as an important pathogen in human disease. Serious staphylococcal infections can frequently occur in inpatients and may lead to dire consequences, especially as to therapy with antimicrobial agents. The increase in the frequency of Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus (MRSA) as the causal agent of nosocomial infection and the possibility of emergence of resistance to vancomycin demands a quick and trustworthy characterization of isolates and identification of clonal spread within hospitals. Enough information must be generated to permit the implementation of appropriate measures for control of infection, so that outbreaks can be contained. Molecular typing techniques reviewed in this manuscript include: plasmid profile analysis, analysis of chromosomal DNA after enzymatic restriction, Southern blotting, pulsed field gel electrophoresis (PFGE), techniques involving polymerase chain reaction and multilocus sequence typing (MLST). Repetitive DNA Sequence PCR (rep-PCR) may be used for screening due to its practicality, low cost and reproducibility. Because of its high discriminatory power Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE) still remains the gold standard for MRSA typing. New techniques with higher reproducibility and discriminatory power, such as Multi-Locus Sequence Typing (MLST), are appearing. These are mostly useful for global epidemiology studies. Molecular typing techniques are invaluable tools for the assessment of putative MRSA outbreaks and so should be extensively used for this purpose

Producción y sensibilidad a microcinas en cepas de Pseudomonas aeruginosa / Pseudomonas aeruginosa microcins: production and sensibility

Se aislaron cepas de Pseudomonas aeruginosa de distintos procesos infecciosos con el objeto de estudiar la capacidad de producir microcinas y la sensibilidad a las elaboradas por otras cepas. Se investigaron por el método de estrías cruzadas en condiciones mínimas de crecimiento y en agar nutritivo, siendo más adecuado el primero. Se analizó el efecto de la presencia de metionina en medio mínimo. El tamaño molecular de las bacteriocinas se estimó con membranas capaces de retener moléculas mayores de 8000 daltons. Los resultados obtenidos indicaron una alta incidencia de cepas productoras de microcinas (85,7 por ciento). La sensibilidad a las mismas fue variada desde 0 a 10 cepas susceptible. Al mantener P. aeruginosa en el laboratorio se redujo el espectro de actividad, mientras que las recientemente aisladas inhibieron mayor número de cepas. Se observó también que disminuyó la sensibilidad a microcinas al conservarse las cepas por más de seis meses. Es conveniente realizar tipificación mediante microcinas con bacterias mantenidas por poco tiempo en cultivo

Biotipificación y serotipificación de campylobacter jejuni, acmpylobacter coli y campylobacter lari / Biotyping and sertyping of campylobacter jejuni, campylobacter coli and campylobacter lari

Se serotipificaron 26 cepas de Campylobacter termofílicos por el método de hemaglutinación pasiva y se biotipificaron 62 cepas por el método de Lior. Dos cepas correspondieron al serogrupo 13/50 y otras dos expresaron antígenos del serogrupo 4; el 78 por ciento restante se distribuyó entre diferentes serogrupos; 21,7 por ciento de las cepas fueron no tipificables. Entre los biotipos, 47 (75,8 por ciento) correspondieron a C. jejuni, 44 (71 por ciento) al biotipo I, 3 (4,8 por ciento) al biotipo II; 14 (22,6 por ciento) a C. coli, 11 (17,8 por ciento) al biotipo I, 3 (4,8 por ciento) al biotipo II y 1 (1,6 por ciento) a C. lari. Las cepas de C. jejuni y C. coli resistentes al ácido nalidíxico pueden complicar la identificación

Quién es quién en Bacteriología: Capnocytophaga spp / Who is who in Bacteriology: Capnocytophaga spp

Dentro del género Capnocytophaga existen dos grupos de bacilos Gram-negativos de dificil crecimiento previamente conocidos como grupos DF-1 y DF-2 del CDC. En ellos se incluye a las especies C. ochracea, C. gingivalis, C. sputigena (ex DF-1), C. canimorsus y C. cynodegmi (ex DF-2 y DF-2 like). Probablemente, en el futuro, se agregue a este género otro grupo de bacterias actualmente conocidas como grupo DF-3 del CDC. Las tres primeras especies se asocian a sepsis en pacientes neutropénicos que reciben quimioterapia, aunque también son capaces de producir infecciones en huéspedes normales. C. canimorsus ha sido reconocida como agente causal de infecciones severas secundarias a contacto previo con animales en pacientes alcohólicos, esplenectomizados o tratados con corticoides. C. cynodegmi ha sido aislada de mordeduras de animales en pacientes normales. Parecería que las bacterias del grupo DF-3 podrían tener que ver con cuadros de diarrea prolongada. Es destacable además el hallazgo de C. cynodegmi en un caso de endoftalmitis en un paciente con transplante de córnea y el informe de algunos casos de infecciones perinatales producidas por bacterias del antiguo grupo DF-1. La sensibilidad de estos microorganismos es bastante amplia. La mayor experiencia clínica es la registrada con penicilina, que parece ser el antibiótico de elección. Sin embargo, es necesario destacar que se han aislado cepas de Capnocytophaga productoras de beta-lactamasas. El aislamiento de estas bacterias a partir de muestras clínicas constituye un desafío para los microbiólogos. Su desarrollo puede lograrse utilizando placas de agar tripteína de soya adicionadas de sangre al 5 por ciento e incubándolas en aero o anaerobiosis en presencia de CO2 al 5 por ciento por espacio de al menos 5 días. Su diferenciación a nivel de especie puede resultar engorrosa por la superposición de resultados en varias pruebas. De todos modos, las pruebas de oxidasa, catalasa, movilidad y arginina separan bien a los antiguos grupos DF-1 y DF-2 entre sí y de otras bacterias similares

Species-differences in the pH-activity pattern of acid phosphatase in the family Enterobacteriaceae.

Nonspecific phosphatase activities were surveyed comparing major species of the family Enterobacteriaceae. The strains were subjected to a whole cell assay system with paranitrophenyl phosphate as substrate over a wide pH range and with a standardized number of bacterial cells. The overall results suggest that the general shape of the pH activity curve and the location of peaks (pH optimum) can be employed as a supplementary criterion to characterize species of Enterobacteriaceae.

Biotipificación de cepas de acinetobacter baumannii aisladas de infecciones intrahospitalarias / Biotypiphication of acinetobacter baumannii isolated from intrahospitalary infections

El sistema de biotipificación propuesto por Bouvet y Grimont, fue aplicado al estudio de 130 cepas de A. baumannii aisladas de muestras clínicas y del ambiente en 3 hospitales de Santiago. El procedimiento permitió el reconocimiento de la totalidad de las cepas estudiadas y la identificación de 9 de los 19 biotipos definidos

Evaluación del uso de un esquema de pruebas bioquímicas para tipificar estreptococos del grupo "viridans" y Streptococcus bovis / Use of a set of biochemical test for typing \"viridans\" group streptococci and Streptococcus bovis

Con el fin de evaluar un esquema de pruebas bioquímicas para identificar estreptococos del grupo "viridans" y S. bovis, se tipificaron 110 cepas aisladas de materiales clínicos. El 74,5 por ciento fue identificado con criterio de coincidencia absoluta con el esquema utilizado, el 17,3 por ciento se tipificó admitiendo 1 reacción atípica y el 8,2 por ciento fue nominado como estreptococos, puesto que no pudieron ser incluidos en ninguno de los dos casos anteriores. Las especies que más frecuentemente mostraron una reacción atípica, fueron S. mitis (7/22 cepas), S. anginosus (S. milleri) (6/16 cepas) y S. sanguis (3/16 cepas). Del total de cepas de S. sanguis, S. mutans y S. bovis I, aisladas se hemocultivo, el 86 por ciento estuvo asociado a Endocarditis Infecciosa. La capacidad para producir dextrán en las cepas aisladas de hemocultivo, se asoció a la presencia de esta patología, con valores predictivos positivo y negativo de 86 por ciento y 94 por ciento, respectivamente. S. anginosus (S. milleri) se aisló de abscesos más frecuentemente que las otras especies. Consideramos que debido a la transcendencia clínica que tiene actualmente la correcta identificación a nivel de especie de estos microorganismos, el esquema propuesto constituye una alternativa útil para tal fin, en los laboratorios de Bacteriología Clínica de nuestro medio